Constitués par le comité de pilotage, les groupes de travail ont un rôle d'élaboration technique et scientifique, au plus près du terrain. Ce sont des instances de réflexion qui n'ont pas de pouvoir décisionnel.
Certaines réunions ont eu lieu sur le terrain, aussi vous ne retrouverez pas de compte rendu à ces dates-là (ex. groupe de travail Pique prune).

Les groupes de travail soumettent des propositions au comité de pilotage qui est la seule instance habilitée à valider les propositions. Sur le site Natura 2000 de la vallée du Canut, différents comités de pilotage ont été institués :
Groupes de travail de la phase animation du Docob (à partir de 2015) :
- Groupe de travail plan de communication
- Groupe de travail pique-prune
- Groupe de travail sentiers
Groupes de travail de la phase élaboration du Docob (2012 à 2014) :
- Groupe de travail sur la charte Natura 2000
Groupe de travail sentiers
Groupe de travail - définition des objectifs de développement durableGroupe de travail - activités socio-économiques et de loisirs
Groupe de travail - Habitats Faune Flore